Nach der sechsten Primarklasse erfolgt der Übertritt in die Oberstufe. Die Oberstufe (Sekundar- und Realklasse) umfasst das 7. bis 9. Schuljahr. Die Schule Tübach führt keine eigene Oberstufe. Vertragsschule ist die Oberstufe Goldach.
Ob ein Kind nach dem sechsten Schuljahr in die Real- oder Sekundarschule eintreten kann, entscheidet der Schulrat der Oberstufe aufgrund der Empfehlungen der Lehrkräfte der sechsten Primarklasse sowie den Noten der sechsten Primarklasse. Die Empfehlung wird an den Gesprächen mit den Eltern erläutert.

Für Kinder, welche die Oberstufe in Goldach oder das Untergymnasium der Kantonsschule St. Gallen besuchen, übernimmt die Gemeinde das volle Schulgeld. Am Besuch einer anderen staatlich anerkannten Oberstufe (z.B. Oberstufe Horn, Flade St. Gallen, SBW Romanshorn, Gymnasium „Untere Waid“ in Mörschwil etc.) beteiligt sich die Gemeinde mit einem Schulgeld von pauschal Fr. 12‘000.00. Für die restlichen Schulkosten, inkl. Transport und auswärtige Verpflegung, kommen die Eltern selber auf.